1、种子质量。胡萝卜种子贮藏2~3年发芽率只有30%，发芽不良会影响幼根先天生长，因此容易产生叉根现象。另外，胡萝卜种子在形成期间，由于天气原因如连续阴天，连续降雨光照不足，雨水过多，常常出现授粉不良和种子发育不良的现象，容易产生种胚发育不良的种子，播种这些种子也会产生叉根。
2、土壤。胡萝卜适合生长在排水良好的沙质土壤中，种植在黏重土中的胡萝卜容易分叉。常年用拖拉机旋耕的土壤，土壤耕作层比较浅，胡萝卜直根伸长受阻，促使其侧根发育，使肉质根出现发叉。土壤中含有碎砖、瓦屑等太多坚硬物体，也会出现叉根现象。
3、施肥。在胡萝卜生长过程中，施用新鲜的农家肥会影响肉质根的正常生长。因为农家肥在腐熟的过程中会发酵、发热，胡萝卜直根下伸时会被烧伤，停止直根生长，从而形成叉根。施肥不均匀，造成土壤中部浓度过高，也容易“烧”死根尖，产生叉根。
4、间苗时间和定苗密度。间苗不及时，在幼苗长到5-6片真叶时，生长过挤，主根弯曲，侧根发达，都会形成叉根。种植密度太稀时，植株营养物质吸入过多，也会促使侧根肥大，造成分叉。
5、地下病虫害。线虫危害容易使胡萝卜产生叉根，这种病害在胡萝卜种子萌芽后1-2周侵入寄主，使主根受到伤害，停止生长，侧根膨大。农家肥中的蛴螬或蝼蛄的啃食，也会产生叉根。
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